連携推進ネットワークは、情報学研究科と学術情報メディアセンターの共同の活動です。運営委員会は、研究科企画委員会とセンター教員会議の下部に位置します。委員は7名（6専攻、センター各1名）とし、運営委員長、副委員長を互選しています。また、研究科長とセンター長が運営委員会のアドバイザとなっています。
運営委員会は、実際に連携活動の推進を担当する連携推進チーム（例えば京都大学ICTイノベーション実行委員会など）を適宜設け、活動を委託しています。
連携推進ネットワークの事務局は京大オリジナルが担当し、産学マッチング（ICTイノベーションの企画や連続セミナーの企画など）を行なっています。